Pada Januari 2009, terdapat laporan terperinci kerosakan pada muzium Al Mat'haf di Gaza berikutan serangan udara dan darat selama 22 hari Israel semasa Operasi Cast Lead. Operasi ini, yang dimulakan pada akhir Disember 2008, menyasarkan kedudukan Hamas di seluruh Gaza.

Jawdat Khoudary menceritakan pemulangannya ke muzium pada Februari 2009, sebaik sahaja tentera darat Israel berundur dan gencatan senjata tentatif dilaksanakan.

Terdapat laporan yang menggambarkan tahap kerosakan dan mendedahkan pameran artifak yang hancur iaitu artifak-artifak sejak zaman Hellenistik, Rom dan Byzantine. Selain itu, kaki lampu minyak Islam dari zaman Mamluk (AD 1244-1517) juga dipecahkan. Bangunan muzium itu sendiri mengalami kerosakan struktur, dengan jubin siling yang tumbang dan dinding yang mengandungi kesan peluru.

Semasa kempen lapan hari Israel di Genting Gaza yang ditadbir oleh Hamas pada 2012, Khoudary menutup hotel dan muziumnya sehingga permusuhan reda.

Status muzium Al-Mathaf dan butik 36 bilik bersebelahannya tidak jelas selepas bermulanya perang Israel–Hamas pada 7 Oktober 2023. Dengan laporan pertama kerosakan akibat tembakan dilaporkan pada 3 November 2023. [7]

Pada 4 Februari 2024 Jawdat Khoudary menyiarkan rakaman video ke akaun Instagramnya mengenai kemusnahan teruk yang berlaku di hotel dan muzium. Video tersebut yang dirakam pada awal Februari selepas tentera Israel berundur dari kawasan itu menunjukkan kerosakan struktur yang melampau pada hotel. Ruang dalam dilihat runtuh dengan beberapa kawasan mengandungi kumpulan kecil kerusi diletakkan di atas runtuhan. Di luar ruang muzium yang pernah dipenuhi dengan taman kaktus yang dipilih secara rasmi juga mengalami kerosakan yang ketara. [8]